Knihy Josefa Pekaře v digitální podobě volně přístupné na internetu:
PEKAŘ, Josef: Paměti o hradu Valdštejnu. Mladá Boleslav 1889.
PEKAŘ, Josef: O povstání kralevice Přemysla proti králi Václavovi I. Praha 1891 (1941).
PEKAŘ, Josef: Dějiny valdštejnského spiknutí 1630-1634. Praha 1895.
PEKAŘ, Josef: Čechové jako apoštolé barbarství. Praha 1898.
PEKAŘ, Josef: O době husitské. Slaný 1900.
PEKAŘ, Josef: Nejstarší kronika česká. Praha 1903.
PEKAŘ, Josef: Kniha o Kosti. I. Praha 1910 (1935).
PEKAŘ, Josef: Kniha o Kosti. II. Praha 1911 (1935).
PEKAŘ, Josef: František Palacký. Praha 1912.
PEKAŘ, Josef: Dějiny naší říše. Praha 1914.
PEKAŘ, Josef: O nové církvi československé. Praha 1920.
PEKAŘ, Josef: Bílá hora: Její příčiny i následky. Praha 1921.
PEKAŘ, Josef: Světová válka. Praha 1921.
PEKAŘ, Josef: Dějiny československé. Praha 1922.
PEKAŘ, Josef: Objevy Bretholzovy. Praha 1922.
PEKAŘ, Josef: K boji o Husa. Praha 1925.
PEKAŘ, Josef: K jubileu Palackého. Praha 1926.
PEKAŘ, Josef: Zprávy pramenů o boji na hoře Vítkově 14. července 1420. Praha 1926.
PEKAŘ, Josef: Předmluva k českému vydání sepsání Kristiánova. Praha 1927.
PEKAŘ, Josef: Žižka a jeho doba. I. Praha 1928 (1933).
PEKAŘ, Josef: Svatý Václav. Praha 1929.
PEKAŘ, Josef: Svatý Václav. Praha 1929. (2)
PEKAŘ, Josef: K výročí tolerančního patentu. Praha 1931.
PEKAŘ, Josef: O periodisaci českých dějin. Praha 1932.
PEKAŘ, Josef: Valdštejn 1630-34. I. Praha 1933.
PEKAŘ, Josef: Valdštejn 1630-34. II. Praha 1933 (1934).
NOVÁK, Arne: Josef Pekař. Jeho cesta domovem a životem. Turnov 1938.