Bibliografie prací Josefa Pekaře
Mistr Jiřík Kezelius Bydžovský. Památky archeologické XIV(1887–9)
Mladá Boleslav ve věcích minulých. Jizeran X (1889)
Hrubá Skála. Příspěvek k historické topografii a ke sporu o Rukopis Královodvorský. Atheneum, roč.VIII (1890)
Dějiny valdštejnského spiknutí. (1630–1634). Praha 1895
O době husitské. Přednáška proslovená na slavnosti Husově ve Slaném dne 5.července 1900
Nejstarší kronika česká. ČČH VIII (1902)
Kniha o Kosti. Kus české historie. Díl I, Praha 1909
Kniha o Kosti. Kus české historie. Díl II, Praha 1911
František Palacký. Přednáška proslovená při oslavě Palackého v Pantheonu muzejním dne 29. června 1912
Masarykova česká filosofie. ČČH XVIII (1912)
České katastry 1654–1789. ČČH XIX (1913)
České katastry 1654–1789. ČČH XX (1914)
České katastry 1654–1789. Se zvláštním zřetelem k dějinám hospodářským a ústavním. ČČH XIX, XX, XXII. V Praze 1915
F. J. Vavák. Národní politika XXXIV (1916)
Český stát a Němci. Venkov XII (1917)
Arnošt Denis. Slavnostní přednáška pronesená v den oslavy 70. narozenin Denisových 11. II. 1919 ve velké aule učení Karlova
Říjen 1918. Slavnostní přednáška proslovená ve velké aule university Karlovy 28. X. 1919
Ke sporu o sv. Jana a české dějiny. Národní listy LX (1920)
K velkému výročí 1618–1620. Praha 1920
Dějiny československé pro nejvyšší třídy škol středních. Praha 1921
Bílá Hora. Její příčiny a následky. Praha 1921
Tři kapitoly o sv. Janu Nepomuckém. Praha 1921
Život a umučení sv. Václava a báby jeho sv. Ludmily dle sepsání Křišťana. Úvod (předmluva k českému překladu), Praha 1921
Kritické poznámky k pozemkové reformě. Národní listy LXIII (1923)
Jan Žižka. I. Žižka u Eneáše Silvia. ČČH XXX (1924)
K jubileu Palackého (Proslov na radnici staroměstské dne 26. května 1926) ČČH XXXII (1926)
F. Palacký. Přednáška proslovená při oslavě Palackého v Pantheonu muzejním 29. června 1912. Památník Palackého 1926
K osmdesátinám Jaroslava Golla. ČČH XXXII (1926)
Žižka a jeho doba. Díl prvý: Doba se zvláštním zřetelem k Táboru.V Praze 1927
Rukopisy se stanoviska historického. Národní listy LXVII (1927)
Žižka a jeho doba. Díl druhý: Jan Žižka. V Praze 1928
O nový názor na české dějiny. Národní osvobození V (1928)
Smysl českých dějin. O nový názor na české dějiny. Praha 1929, nákladem vlastním
Svatý Václav. ČČH XXXV (1928)
Svatý Václav. Kulturní dědictví doby. Lidové noviny XXXVII (1929)
Žižka a jeho doba. Díl třetí: Žižka vůdcem revoluce. Praha 1930